På platsen där kyrkan ligger avrättas Torgils Knutsson 1306. Senare tänder Kristian tyrann ett bål och bränner Sten Sture, hans son samt de 94 halshuggna, parterade och hängda från Stockholms blodbad. Elden från lördagen den 10 november 1520 har aldrig slocknat.
På 1580-talet bygger Johan III ett kapell som kallades Sturekapellet. I stadsplanen från 1640-talet fastställs att en kyrka ska byggas på Sturekapellets plats, kyrkan och galgbacken skall vara det första man ser vid ankomsten till Stockholm. Den första kyrkan grundlades april 1656, i rummet ovanför sakristian hölls förhören med de 8 Katarinahäxor som avrättades på 1670-talet. Blodbadselden flammar upp och förstör Katarina kyrka i ännu ej klarlagda cykler. Den 1 maj 1723 brinner kyrkan ner. Nya Katarinakyrkan tar 61 år att bygga men 1784 är den klar, 1862 får hon centralvärme, på 1880-talet river man stenmuren runt kyrkogården och hittar ett inmurat skelett med krossad skalle, oklart vem det är.
Även i kyrkans grundmurar hittar man skelettrester eftersom jord skyfflades in som fyllnad vid kapell och kyrkbyggnad. Natten till den 17 maj 1990 brinner hon igen, orsaken blev aldrig helt säkerställd. Alla inventarier förstördes men murarna och korsarmskupolerna klarade sig. Vid återuppbyggnaden, som kostade 280 miljoner användes handsmidd spik, ekdymlingar och 1600-talets byggteknik. Trots det invigdes nya kyrkan 21 maj 1995 och Silvia var där. Kyrkan är nu sektionerad i brandceller, skilda åt av brandmurar, har ett modernt sprinklersystem samt elektronisk brandvarning.
Begravningsplatsen runt kyrkan har varit en utpräglad fattigkyrkogård där församlingens medlemmar, Stockholms Finska församling, krigsfångar, spinnhushjon och de döda från arrestlokalerna grävts ner. Det var en kal och sorglig plats utan träd eller gräs med gravkor överfulla med lik och ett benhus som fylldes fortare än det kunde tömmas. Bellmans 54:a Aldrig en Iris handlar om trängseln på Katarina kyrkogård. Av innerstans begravningsplatser är Katarina kyrkogård en av de få kyrkogårdar som fortfarande används till att begrava våra döda i.
I nordvästra hörnet står ett skolhus från 1657 som blivit hyreslägenheter men antagligen omvandlas till bostadsrätter fortare än jag hinner fråga ”tror du på spöken?”.
